Херсонской епархии (1857-1859), Таврической и Симферопольской епархии (1859-1866; 1922-1923), Екатеринославской (Днепропетровской) епархии (1923-1929). М. в. было учреждено Высочайшим указом 26 сент. 1857 г. 13 окт. того же года во епископа Мелитопольского, викария Херсонской епархии, был хиротонисан архим. Кирилл (Наумов), назначенный на должность начальника Русской духовной миссии в Иерусалиме. Архиерей постоянно находился за пределами России, в Мелитополе никогда не служил. Выбор титула, возможно, был связан с греч. христ. традицией Приазовья, а также самого г. Мелитополя, в названии которого повторялось наименование греч. митрополичьей кафедры по не существовавшему к тому времени визант. г. Мелитополю Геллеспонтскому.
Синодальным определением от 19-21 июня 1863 г. и Высочайшим указом от 28 июня 1863 г. еп. Кирилл был уволен от управления Русской духовной миссией и переведен в Казанскую епархию настоятелем казанского в честь Преображения Господня монастыря с сохранением за ним титула «епископ Мелитопольский», который архиерей носил до своей кончины в 1866 г. Московский митр. св. Филарет (Дроздов) в авг. 1863 г. писал еп. Кириллу: «В перемещении Вашем нет ничего оскорбительного. В качестве епископа уездного города Мелитополя Вы равняетесь викариям и назначены на место, к-рое занимал викарий, и притом, как Вы сами замечаете, в ожидании открытия епархиальной кафедры» (Филарет Московский, свт. Собр. мнений и отзывов по делам православной Церкви на Востоке. СПб., 1886. С. 419). В официальных документах тех лет Кирилл упоминается как «епископ Мелитопольский без епархии».
29 авг. 1922 г. в Симферополе во епископа Мелитопольского, викария Таврической епархии, был хиротонисан сщмч. Сергий (Зверев), настоятель Петропавловского собора в Симферополе. После ареста архиеп. Таврического и Симферопольского сщмч. Никодима (Кроткова) еп. Сергий стал временно управляющим Таврической епархией. Назначение еп. Сергия на М. в. совпало с началом масштабных репрессий против духовенства, связанных с изъятием церковных ценностей. В сент. 1922 г. был арестован настоятель храма в мест. Б. Токмак Большетокмакского у. свящ. Николай Улович. Клирика обвинили в сотрудничестве в 1920 г. с врангелевцами, в сокрытии церковных ценностей и частицы мощей свт. Феодора Суздальского. 9 нояб. того же года Запорожский губернский ревтрибунал прекратил дело. В Симферополе еп. Сергий после хиротонии почти не бывал, в связи с тем что в Крымской АССР, как пограничной территории, действовал особый режим передвижения. Архиерей служил в основном в Мелитополе, где имел квартиру, и в Геническе. Здесь владыка в 1922-1923 гг. издавал указы о мерах борьбы с крымскими обновленцами (см. Обновленчество) и рукополагал крымских ставленников, как он сам об этом сообщает в сохранившихся письмах.
21 февр. 1923 г. М. в. перешло в состав Екатеринославской епархии, что было обусловлено передачей в 1921 г. 3 приазовских уездов дореволюционной Таврической губ. (Днепровского, Мелитопольского и Бердянского) из РСФСР в состав Екатеринославской губ. Украинской ССР.
8 окт. 1923 г. еп. Сергий был арестован. В одном из обзоров Екатеринославского губернского отдела ГПУ, полностью посвященном церковным делам, сообщалось: «Сергия необходимо было изолировать от возможности влиять на церковные дела». Считали, что он «задал тон всей церковной жизни трех южных округ Екатеринославской губернии» (Запорожской, Мелитопольской и Бердянской) (iгнатуша. Соцiально-полiтичнi аспекти. 2003. С. 180). В нач. 1924 г. еп. Сергий был выслан в Поволжье. В 1924-1926 гг., оставаясь епископом Мелитопольским, он управлял Самарской епархией, т. к. Самарский архиеп. сщмч. Анатолий (Грисюк) находился в заключении.
За время отсутствия еп. Сергия обновленцам, несмотря на поддержку властей, не удалось укрепить свои позиции. В информационном сообщении Акимовского райисполкома в адрес Мелитопольского окружного ликвидкома от 18 дек. 1923 г. указывалось: «В связи с арестом Мелитопольского епископа Сергея верующие высказывались о последнем с сожалением, но со стороны духовенства никаких действий не проявлялось». Особо были отмечены нелояльные клирики: в Бердянской округе - прот. Михаил Богословский, священники Петр Товаров, Николай Харажан и Петр Коссовский; в Запорожской округе - священники Евстафий Добряков и Владимир Русаневич; в Мелитопольской округе - священники Городисский из Геническа, Домнич из мест. Вел. Белозерка, Александр Сергеев из с. Кизияр и Николай Улович из мест. Б. Токмак (Там же. С. 181). В 1924 г. в Бердянской округе органы ГПУ выявили нелегальное «тихоновское» уездное церковное управление и привлекли его руководителей к суду. Там же регулярно проводились обыски с целью выявления тех, кто поддерживали переписку с «тихоновским» Екатеринославским ЕУ. К 1925 г. в Мелитопольской округе насчитывалось 117 общин Русской Церкви, 9 обновленческих приходов и община Украинской автокефальной православной церкви (УАПЦ). К 1928 г. имелось 145 правосл. общин и 37 обновленческих.
В 1929 г. еп. Сергий был возведен в сан архиепископа, 25 сент. того же года назначен на новосозданную Елецкую епархию. Впосл. М. в. не замещалось из-за усиления гонений. В 1929 г. власти уничтожили один из крупнейших в уезде храмов - Троицкий в с. Кизияр (ныне в черте Мелитополя). В 1930 или 1931 г. был взорван кафедральный Александро-Невский собор в Мелитополе, построенный в 1899 г., на его месте появился городской рынок. К 15 мая 1930 г. территория Мелитопольского окр., находившаяся в составе Мариупольской епархии, перешла в ведение экзарха Украины архиеп. сщмч. Константина (Дьякова). Последний в своем заявлении в Мелитопольское окружное управление НКВД от 15 мая 1930 г. указывал следующее: «В делах управления подведомственного мне Мелитопольского округа Мариупольской епархии возникла необходимость в назначении наблюдателя по делам всего Мелитопольского округа» (ЦГАВОВУ. Ф. 5. Оп. 3. Д. 1961. Л. 74). На эту должность был назначен прот. Николай Улович. В 1935 г. прот. Николай был выслан в Акмолинскую обл. Казахстана, где служил до своего ареста в 1937 г. Вероятно, далее управление приходами в регионе осуществлял благочинный Бердянского окр. прот. сщмч. Виктор Киранов, приговоренный 29 окт. 1939 г. к 8 годам заключения, по его делу были арестованы еще 8 чел.
В регионе существовали обновленческие епархии: Бердянская (в 1924-1925, во главе с «епископом» Михаилом Митрофановым) и Мелитопольская (с марта 1925, в июле того же года к ней присоединили Бердянскую епархию). 21-26 янв. 1925 г. Мелитополь посетил обновленческий «Екатеринославский епископ» Павел Масленников. Вместе с прот. В. Мстиславским и представителем обновленческого синода он совершал богослужения и проводил подготовительную работу. Активными деятелями обновленчества в городе стали прот. В. Тихонович, бывш. епархиальный миссионер прот. В. Попов, настоятель Александро-Невского собора прот. Михаил Полунин, диак. С. Шарков.
В сер. 1925 г. на новообразованную обновленческую Мелитопольскую кафедру прибыл «епископ» Иов Сахновский, его кафедрой стал Александро-Невский собор. В состав обновленческой Мелитопольской епархии вошли Царедворовское (села Царедворовка (ныне Ботиево), Строгановка, Владимировка, Богдановка, Райновка, Орловка, Степановка) и Ногайское (села Диановка, Ногайск (ныне г. Приморск), Лозановка, Борисовка, Дмитровка, Низовка, Луначарское (ныне Азовское)) благочиния бывш. Бердянского окр. К обновленчеству присоединились 10 священников. 2 сент. 1925 г. в Мелитополе состоялся съезд духовенства и мирян обновленческой епархии, избравший епархиальный совет и утвердивший кандидатуру Иова в качестве правящего епископа. 26 июля - 25 авг. 1925 г. Иов объехал епархию, совершал богослужения, призывал объединиться вокруг обновленческого синода. Священник ц. св. Марка в Ногайске Павел Коссовский, в 1925 г. вернувшийся из обновленчества в каноническую Церковь, призывал прихожан не принимать участия во встрече епископа и категорически отказался участвовать в собеседовании.
В 1926 г. Иов покинул Мелитополь и уехал в г. Белая Церковь. С этого события начался упадок обновленческого движения в регионе. После Иова раскольническую Мелитопольскую кафедру занимали Михаил Митрофанов (1926-1927), Афанасий Вечерко (1927-1930). В нач. 30-х гг. XX в. епархия была присоединена к раскольнической Запорожской кафедре.
На территории Мелитопольской епархии были сильны позиции акефального духовенства. Состоявшийся 7 июня 1926 г. съезд клира и мирян Нижнесерогозского окр., «обсудив положение православной Церкви, установил, что б. патриарх Тихон и его местоблюститель Петр Крутицкий, а также ряд епископов, в том числе и бывший Мелитопольский епископ Сергий (Зверев) под прикрытием своего сана, занимались контрреволюционной работой и принесли поэтому Церкви непоправимый вред. Поэтому съезд постановил: порвать всякие сношения с представителями патриарха Тихона, Петра Крутицкого и епископом Сергием (Зверевым), отмежевавшись от них и от тихоновской группировки, в которой они являлись руководителями. Вместе с тем, до Вселенского Собора съезд постановил не присоединяться ни к одной из существующих ныне остальных группировок, так как не уверен в их каноничности». Циркуляр съезда, разосланный причтам и церковным советам, предлагал до Вселенского Собора существовать в качестве группы приходов, объединенных в благочиния. Формула поминовения священноначалия за богослужением предлагалась следующая: «Восточных патриархов, преосвященных митрополитов, архиепископов и епископов», «но указывать отдельных имен не следует». Послание с предложением отмежеваться от всех существующих церковных течений также разослал благочинный Великобелозерского окр. М. Домнич.